研究用ノートPCのクリーンアップ：文献マネージャーとPDFの溜め込み問題

研究用のノートPCは同じ論文を4か所に溜め込みます。Zoteroのstorage、Mendeleyのデータフォルダー、EndNoteのライブラリー、そしてダウンロードの山です。文献マネージャーは引用を楽にし、ディスク容量を消し去ります。どこに何が隠れ、何を安全に削除できるかの地図を紹介します。

ギガバイトが実際に隠れている場所

Zoteroはすべての添付ファイルを%USERPROFILE%\Zotero\storageの下に保存します。ファイルごとに、ランダムな8文字の名前を持つサブフォルダーが1つずつ——あなたには不透明、ツールには完璧です。同期でダウンロードしたコピーもローカルで取り込んだコピーもそこに行き着き、フォルダーはあなたが手を入れない限り増え続けるだけです。同期設定ページにはクォータの使用量が表示されますが、ディスク容量を左右する本当の数字はローカルフォルダーの方です。

MendeleyはデータベースとダウンロードしたファイルをAppData\Local\Mendeley Ltdの下に置いており、これが現役のマネージャーである間にこのツリーを削除すると、ライブラリーもろとも消えてしまいます。EndNoteは添付PDFを.enlライブラリーファイルの隣にある.Dataフォルダーの中に隠します。通常の閲覧では見えないくせに、実際は巨大です。そしてダウンロードフォルダー:article.pdf、article (1).pdf、preprint_final_v3.pdf——同じ本文が査読の別段階で3部です。

引用を守りながら片付ける方法

まず原則を1つ:引用は小さなデータベースに宿り、PDFこそが塊です。ファイルの所在を確認する前にデータベースに触れてはいけません。何よりも先に完全なバックアップを書き出してください。ZoteroならRDFまたはBibTeXエクスポート、Mendeleyならデータフォルダー全体のコピーです。それから初めて、この順番で切り詰めます:

Zoteroのごみ箱を空にし、「重複アイテム」コレクションで項目を統合する——統合後の項目は各コピーの添付ファイルをすべて保持するため、あとで双子PDFを確認
実数を確認する:Zoteroの同期設定には使用クォータが表示されるが、ディスクを占有しているのはローカルのstorageフォルダー
Mendeley:現役マネージャーの間はAppData\Local\Mendeley Ltdを絶対に削除しない——このツリーこそがライブラリー
ダウンロード:名前順に並べ替え、各論文の(1)…(7)コピーを一括して処理
EndNote:まずライブラリーを単一の.enlxファイルに圧縮する——PDFも一緒に運べるバックアップ形式がこれ
今後の取り込みでは、マネージャーのstorage外にある正規フォルダー1か所にリンク添付として置く——コピーは1つ、参照はどこからでも

再肥大を止める運用ルール

ワークフローを変えない限り、ノートPCはまた埋まります。PDFの正規置き場を1か所に決め、マネージャーにそこを指させ、アーカイブは同期クォータではなく機関のクラウドストレージへ送ります。ダウンロードフォルダーは毎月掃除する——名前順ビューなら重複ファミリーは数秒で見つかります。データベースが無事である限りcite-while-you-writeは動き続けますし、バックアップが1フォルダーに収まるライブラリーは、実際にバックアップするライブラリーです。